大部分——但不是全部——疫苗是注射在肌肉里的，这叫做肌肉注射。
肌肉之所以成为理想的疫苗接种部位，是因为肌肉组织含有重要的免疫细胞。这些免疫细胞能识别抗原——刺激免疫应答的疫苗所包含的病毒或细菌小片。以某些新冠疫苗为例，它不是直接导入抗原，而是提供产生抗原的序列设计。肌肉组织的免疫细胞识别这些抗原，再传给淋巴结。向肌肉组织注射疫苗可以将疫苗留在局部位置，帮助免疫细胞提醒其他免疫细胞，从而起到免疫作用。
肌肉中的免疫细胞一旦识别出疫苗，就会将抗原传给淋巴管，再由淋巴管将携带抗原的免疫细胞传递给淋巴结。淋巴结是我们免疫系统的重要组成部分，包含更多免疫细胞，可识别疫苗中的抗原，然后再开始制造抗体的免疫过程。
疫苗接种位置附近聚集着淋巴结。比如，很多疫苗之所以注射在胳膊肌肉的三角肌部位，是因为这个位置接近腋窝下的淋巴结。当疫苗注射在臀部时，淋巴管无需长途跋涉就能抵达腹股沟部位的淋巴结群。
肌肉组织还有助于将疫苗反应保持在局部位置。如果某些疫苗注射到脂肪组织，刺激和发炎反应会增加。臀部的脂肪组织比较多，容易导致供血不足，导致部分疫苗成分吸收不良。使用辅药（加强抗原免疫应答的成分）的疫苗必须采用肌肉注射，以免出现大面积刺激或发炎。
不过，另一个决定疫苗接种部位的因素是肌肉的体积。成年人和三岁以上的儿童往往是在上臂的三角肌部位接种疫苗。三岁以下的幼儿则在臀部注射疫苗，因为他们的胳膊肌肉比较小，尚未发育好。
疫苗接种的另一个考虑因素是便捷性和患者接受度。卷起袖子更方便，也更容易被接受。（来源：参考消息）
